Pour traquer les nouveaux variants du SARS-CoV-2, le séquençage est l’arme la plus efficace. Une stratégie sous-exploitée en France, mais qui gagne désormais du terrain.

 

Pour évoluer, un virus mute en permanence et totalement aléatoirement. La plupart des mutations n’ont aucun effet. Certaines rendent le virus plus contagieux, plus virulent ou plus résistant aux vaccins. Un variant émerge alors. Pour le différencier, rendre compte de la dynamique de l’épidémie et comprendre pourquoi une nouvelle vague s’annonce ou se tarit, les scientifiques doivent séquencer son génome, autrement dit, lire l’ensemble des « lettres » qui composent son ADN, sa « carte d’identité génétique ».
Le séquençage a longtemps été à la traîne en France. L’Hexagone enregistrait seulement 3 000 séquençages fin 2020, contre plusieurs dizaines de milliers au Royaume-Uni, champion d’Europe en séquençage. La faute à une pénurie de matériel de la part des industriels et à des moyens financiers insuffisants. Mais aussi, à une erreur de stratégie des autorités de santé selon Philippe Froguel, généticien au CHU de Lille et à l’Imperial College de Londres, qui déplore que « les virologues n’aient pas séquencé plus systématiquement tout le génome du virus pour trouver de nouveaux variants, au lieu de se concentrer uniquement sur Spike. [Ndlr, la protéine qui permet au coronavirus de pénétrer dans les cellules humaines.] »

 

Une nouvelle stratégie : le criblage
Mais pour Jean-Michel Pawlotsky, virologue et chef de service à l'hôpital Henri Mondor à Créteil, l’importance n’est pas tellement le nombre de séquençages mais leur représentativité territoriale. « Avec des études d’échantillonnages ponctuelles et aléatoires, nous avons été en mesure de voir émerger semaine après semaine le variant delta, » indique-t-il. En janvier 2021, le consortium Emergen s'est formé pour accroître les capacités de séquençage. Il regroupe trois autres centres nationaux de référence (CNR) et une quarantaine de laboratoires hospitaliers experts en virologie, au grand dam des généticiens et de leurs puissantes plateformes de séquençage humain.
Depuis la mi-juin, une nouvelle stratégie a été adoptée. Certaines mutations du variant delta étant connues – 3 sur Spike -, les scientifiques vont les cibler directement – on dit cribler – sans passer par le séquençage. Cette stratégie arrive sans doute un peu tard, alors que le variant delta est devenu majoritaire. Mais elle reste complémentaire. « Avec le séquençage, on pourra voir l’émergence d’un nouveau variant avec ses nouvelles mutations, espère Jean-Michel Pawlotsky. On intègrera ensuite le criblage de ces mutations dans les tests pour suivre l’évolution de ce nouveau variant. »

 

Olivier Donnars

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